ミッションは全部で81ある。

うち、１〜45はストーリー本編のミッション

46〜81はトマジから発令されるフリーミッションである。

フリーミッションは２章をクリアし、ベイルージュ号のデッキでトマジに話しかけると発生する。

フリーミッションには隠しミッションがあり、条件を満たさないと発生しないものがある。